Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Μετεώρων & Μουσείο Μανιταριών περιλαμβάνει μια πλούσια συλλογή πτηνών και θηλαστικών καθώς και ένα ολοκληρωμένο μουσείο μανιταριών, το πρώτο στο είδος του στην Ελλάδα. Υπάρχουν περίπου 350 είδη ζώων και 250 από τα κυριότερα είδη μανιταριών.
Ο τρόπος παρουσίασης των συλλογών μέσα από διοράματα, αναπαριστά με απόλυτη ακρίβεια, το φυσικό περιβάλλον που διαβιούν τα ζώα και αναπτύσσονται τα μανιτάρια. Η ποιότητα των εκθεμάτων είναι εξαιρετική. Η τοποθέτησή τους στο χώρο γίνεται σε θεματικές ενότητες, και τα εκθέματα κατανέμονται ανάλογα με τον τύπο του οικοσυστήματος στο οποίο ανήκουν. Για τα μανιτάρια έχει σχεδιαστεί ένας πρωτότυπος τρόπος παρουσίασης, ο οποίος περιλαμβάνει τρεις φάσεις ανάπτυξης τους παρέχοντας έτσι μια ολοκληρωμένη εικόνα του τρόπου με τον οποίο αναπτύσσονται σε κάθε επιμέρους οικοσύστημα.
Η άριστη ποιότητα των εκθεμάτων και το κατάλληλα διαμορφωμένο περιβάλλον, προδιαγράφουν ένα εντυπωσιακό αποτέλεσμα και καθιστούν τη Μουσειακή εμπειρία, όχι μόνο ευχάριστη, αλλά και παραγωγική.
Το Μουσείο διαθέτει μια πλούσια συλλογή ενδημικών και αποδημητικών πτηνών που ζουν κυρίως στην Ελλάδα και στην Ευρώπη, αλλά και σε άλλες ηπείρους. Ορισμένα απ’ αυτά είναι σπάνια, άλλα κινδυνεύουν με αφανισμό και προστατεύονται, ενώ κάποια έχουν ήδη εξαφανιστεί. Λόγω της γεωγραφικής θέσης της Ελλάδας, που συνορεύει με τρεις ηπείρους, καθίσταται ένας από τους πιο πλούσιους σε βιοποικιλότητα τόπους. Από τα 475 είδη πουλιών που υπολογίζεται ότι ζουν στην Ευρώπη, τα 436 είδη ευδοκιμούν στην Ελλάδα, είτε την διασχίζουν κατά την αποδημία τους.
Ως εκ τούτου, η συλλογή από πτηνά του Μουσείου αποτελεί μια από τις σημαντικότερες στην Ελλάδα και θα ανανεώνεται συνεχώς με νέα εκθέματα. Αποτελεί πόλο έλξης, που εμπλουτίζει τις γνώσεις για τους κινδύνους που αντιμετωπίζουν πολλά από τα είδη που εκτίθενται και αναδεικνύει την ανάγκη προστασίας τους.
